Las diatomeas del género Pseudo-nitzschia pueden producir una neurotoxina denominada ácido domoico, capaz de intoxicar a organismos superiores de la cadena trófica incluidos los humanos. En este estudio se caracterizó la abundancia, diversidad, estacionalidad, producción de ácido domoico y relación de especies pertenecientes a este género con los factores físico-químicos presentes en las Bahías de Manzanillo. El género Pseudo-nitzschia fue más abundante en primavera representando más del 50% de la comunidad fitoplanctónica, esta abundancia está relacionada con las bajas temperaturas. Se identificaron 11 especies de Pseudo-nitzschia. De estas P. australis, P. brasiliana y P. micropora son nuevos registros para la zona. Cuatro especies fueron productoras de la toxina ácido domoico en cultivo (P. delicatissima, P. pungens, P. subfraudulenta y P. cf. delicatissima), tres de ellas con concentraciones más altas de lo reportado por otros autores. P. subfraudulenta, no ha sido reconocida hasta la fecha como especie productora de la toxina por la IOC-UNESCO.