La filogenia, término propuesto por el embriólogo alemán Haeckel (1878), estudia las relaciones evolutivas entre organismos y poder establecer líneas de parentesco entre distintos grupos de seres vivos. Las relaciones filogenéticas pueden estudiarse por datos paleontológicos extraídos de especies extintas y cladogramas de especies existentes. Ya que los cerebros no fosilizan, sólo es posible una aproximación desde la comparación de las características de especies existentes para determinar consideraciones filogenéticas de la organización cerebral. En consecuencia, muchos estudios sobre el sistema nervioso central han utilizado un enfoque cladístico, comparando sus resultados con árboles filogenéticos disponibles. Este diseño de estudio se ha empleado para la comprensión del proceso evolutivo en peces. En este trabajo se ha estudiado la citoarquitectura neuroquímica, de los sistemas nitrérgicos y colinérgicos cerebrales de carpa dorada, Carassius auratus, relacionándolo con lo conocido en otros vertebrados, con objeto de establecer aproximaciones teóricas sobre qué estructuras de estos sistemas aparecieron pronto en la evolución y cuáles se han modificado por presiones adaptativas.