Se realizó un estudio analítico longitudinal prospectivo con el objetivo de determinar las posibles diferencias en el tratamiento endodóntico de dientes con conductos infectados según concentración de hipoclorito de sodio empleado. La muestra fue de 39 casos. Se utilizó una planilla de recolección de datos, el interrogatorio y examen físico. Predominó el grupo etario de 24 a 34, así como el sexo masculino y los monorradiculares.Predominaron los enterococos y los streptococos. Las patologías más representativas fueron la necrosis y los procesos periapicales.En el mayor número de casos se completó la instrumentación en la segunda consulta. De los irrigados con hipoclorito al 1% el mayor número de controles bacteriológicos negativos se obtuvieron en la cuarta consulta y de los del 2% fue en la tercera. Los enterococos mostraron mayor resistencia y en el caso de losstreptococos respondieron de forma más rápida al tratamiento. Se concluyó que la concentración del hipoclorito de sodio empleado no fue relevante en el tratamiento endodóntico de dientes con conductos infectados ya que no existieron diferencias estadísticas significativas entre ambas concentraciones.