El sabor característico, aroma y textura de los diferentes quesos maduros son el resultado de la presencia de microbiota natural y del proceso biotecnológico tradicional de fabricación. Este proceso es catalizado por organismos secundarios como los hongos, los cuales contribuyen al proceso de maduración, no obstante, existen otras especies fúngicas que pueden causar pérdidas económicas, problemas de calidad y de salud. El queso Paipa es el único queso típico en Colombia que lleva un proceso de maduración, es producido artesanalmente a partir de leche cruda en los departamentos de Cundinamarca y Boyacá desde el siglo XIX. Este texto muestra el aislamiento e identificación de la microbiota fúngica que participa en la elaboración de este queso, analizando el rol que cumple ya sea desde el punto de vista benéfico otorgando características organolépticas o como posible contaminante y productor de toxinas.