La remediación de zonas contaminadas con hidrocarburos empleando microorganismos ha resultado ser una estrategia favorable debido a su bajo costo e impacto ambiental. En este contexto y teniendo en cuenta el riesgo de contaminación de las zonas costeras en Colombia, se realizó la búsqueda de microorganismos nativos con potencial para degradar hidrocarburos, que en un futuro puedan ser empleados para la recuperación de ecosistemas afectados. En el presente documento se describe el proceso y etapas que se desarrollaron para aislar y seleccionar a partir de sedimentos del Caribe colombiano 11 cepas tolerantes a petróleo crudo y ACPM en concentraciones hasta un 8% v/v. Estas cepas degradaron en un ensayo a escala de laboratorio durante 21 días, el 68.6 % de los hidrocarburos alifáticos con preferencia de los n-alcanos de cadena larga. Las bacterias se identificaron como pertenecientes a los géneros Klebsiella, Chromobacterium, Flavimonas, Enterobacter, Pseudomonas y Bacillus.