El entorno dinámico en el que se mueven actualmente las organizaciones provoca grandes impactos sobre su capacidad para cumplir las metas, objetivos e indicadores de gestión. Esto exige prestar atención a los procesos transversales de la organización, tales como: la planeación, el desarrollo del servicio, las entradas, y el cumplimiento del encargo social entre otros. Por otra parte, el predominio de la gestión orientada a los resultados y no a los procesos en las Universidades, limita la mejora continua de los resultados que alcanza la organización en cuanto al cumplimiento de sus estrategias claves. Es por ello, que el objetivo principal de este trabajo ha sido desarrollar un procedimiento para la gestión del proceso de investigación en el Departamento docente que representa a la carrera de Ingeniería Industrial de la universidad, que haga posible alinear la gestión del día a día de este proceso con las estrategias trazadas.