Existen métodos para conocer sobre el estado de nuestros afluentes naturales, uno de estos es el análisis de la calidad de agua. Actualmente estos análisis se realizan a través de parámetros fisicoquímicos y microbiológicos, que miden la presencia de nitratos, oxigeno, sólidos disueltos, coliformes fecales y otros. Estos métodos evalúan de manera muy precisa el estado de un afluente pero no toman en cuenta el aspecto macro ecológico, muy importante a establecer, ya que la determinación del mismo eleva y revoluciona las capacidades de gestión del recurso hídrico y el desarrollo nacional. Esto se refiere precisamente a un método que no es de carácter sustitutivo, sino, complementario. La Universidad de El Salvador a través de la Facultad de Ciencias Agronómicas ha liderado un proyecto innovador en relación a la investigación científica con el objetivo de proponer una metodología de bajo costo económico para el monitoreo de la calidad ambiental de las aguas de los ríos a partir de macroinvertebrados acuáticos. la metodología estandarizada de muestreo multi hábitat de macroinvertebrados acuáticos mediante el uso de la red “D” haciendo uso del Índice Biótico.