El Golfo de California es una de las regiones más diversas del Océano Pacífico Oriental Tropical (OPOT) con alrededor de 822 especies de peces, 92 de ellas endémicas. La amplia biodiversidad en esta área ha permitido que se considere al Golfo de California como un centro de origen equivalente al de Centroamérica, además de que se encuentra entre los cinco ecosistemas marinos con mayor productividad biológica en el mundo. El presente trabajo tiene como objetivo determinar la composición estructural y la diversidad taxonómica de los peces arrecifales y su relación con factores ambientales en una zona costera de la bahía de La Paz (ZCBP) y de la Isla San José (ISJ), en el suroeste del Golfo de California. Para ello, se concretaron 12 campañas bimestrales de censos visuales: de marzo de 2001 a febrero de 2002 en la ISJ, y de abril de 2002 a marzo de 2003 en la ZCBP,para lo cual se realizaron transectos de 100 m de largo por 5 m de ancho en 8 localidades de la Isla San José y 8 en la costa oeste de la bahía de La Paz. Los censos se realizaron a una profundidad promedio de 5 metros.