El objetivo de este trabajo era evaluar el estado de la calidad de las aguas superficiales y subterráneas del acuífero Cuaternario de Vitoria-Gasteiz, cuyo Sector Oriental fue declarado Zona Vulnerable a la contaminación por nitratos. Los resultados obtenidos de la presente investigación demuestran que las actuaciones implementadas en la Zona Vulnerable han inducido a una importante disminución del contenido de nitratos. Sin embargo, éstas no han sido suficientes, hasta el momento, para estabilizar el contenido por debajo del límite máximo permitido por la Directiva Europea (50 mgNO3-/L). La presencia del Humedal de Salburua dentro de la Zona Vulnerable ha permitido evidenciar que este singular enclave juega un trascendental papel como atenuador de nitratos. Los procesos de desnitrificación bacteriana son los máximos responsables de la mejora puntual de la calidad de las aguas en este humedal.