La necesidad de desarrollar productos naturales de alto valor agregado, genera el interés por el estudio de producción, extracción y aplicación biotecnológica de metabolitos. Se presenta el arranque y operación de fotobiorreactores en dos etapas, para la producción de metabolitos primarios y secundarios en cultivos lote, semilote y continuo de la microalga Haematococcus pluvialis bajo condiciones de cultivo óptimas y de estrés para favorecer la síntesis de clorofila y carotenoides (astaxantina), hasta lograr un sistema integral. Se evaluaron diferentes parámetros de cultivo: nutrientes, tiempos de retención hidráulica, tipos de lámparas e intensidad de iluminación, estrés salino y temperaturas elevadas. Lo que permite orientar el proyecto hacia los objetivos deseados en la investigación y posible aplicación industrial en un sistema integral factible de escalamiento de producción de pigmentos. El trabajo está dirigido a profesionistas de la Biotecnología Algal, ya que puede enriquecer el conocimiento en el diseño, arranque, operación y seguimiento de fotobiorreactores para el cultivo potencial de microalgas en la obtención de pigmentos de interés en diversos niveles de demanda.