El estudio se realizó en la franja cafetera del departamento del Quindío, entre los 1100 y 2000m; se muestrearon cuatro tipos de cobertura, dos naturales (bosque y guadual) y dos agroecosistemas (café con sombrío y café expuesto) capturando 1313 individuos, pertenecientes a dos familias, 15 géneros y 28 especies. La familia Phyllostomidae fue la más abundante con 25 especies. La cobertura Bosque presentó la mayor diversidad (H´=2,5), seguido por el Café con Sombrío (H´=2,01), la mayor abundancia relativa se registro en la cobertura Café Expuesto con una baja diversidad (H´= 1,8) y predominio relativo (H´=0.22). La cobertura Guadual obtuvo valores bajos en diversidad y riqueza (H=1,9; s=10). con estos índices ecológicos, se determinó que la diversidad y abundancia se asocian con la estructura horizontal y vertical de cada cobertura. Los Bosques y Café con sombrío actúan recíprocamente, beneficiando a los murciélagos, por las características estructurales que tienen y la disponibilidad de recurso continuamente. se Concluyó que el Bosque es la cobertura natural óptima para la comunidad, mientras que los agroecosistemas actúan como hábitat complementario.