La salinización del suelo es un proceso que afecta la productividad de muchos cultivos, entre ellos el jitomate. Los objetivos del presente trabajo fueron caracterizar morfológica y molecularmente a siete genotipos de jitomate; identificar su tolerancia o susceptibilidad al estrés salino (NaCl) mediante variables morfológicas y bioquímicas; conocer la diversidad genética usando marcadores ISSR y medir la actividad de genes relacionados con la resistencia al estrés salino como LOX y JERF1. Las colectas C-101 y C-115 fueron identificadas como genotipos tolerantes, mientras ‘Río Grande’ y ‘Floradade’ como susceptibles. El análisis UPGMA realizado de los ISSR utilizando el coeficiente de Dice agrupó los genotipos por tamaño del fruto y características del ciclo de vida de la planta, por lo que éstos caracteres podrían estar asociados.