El género Atherinella contiene 35 especies de las cuales el estado de Chiapas, México presenta 3: Atherinella alvarezi, Atherinella guatemalensis y Atherinella schultzi, que presentan confusiones o registros de formas no descritas. El presente se realizó con la finalidad de evaluar y comparar morfológicamente las especies dulceacuícolas del género Atherinella en el estado de Chiapas. Se evaluaron 101 ejemplares por morfometría geométrica y morfometría tradicional. Se confirma la presencia de tres grupos y que los ejemplares analizados no corresponden a las especies reportadas. Estos resultados permiten proponer la existencia de taxones no descritos que presentan una variación morfológica generada posiblemente por procesos evolutivos como adaptación y diversificación. Se aporta nuevo conocimiento taxonómico del género Atherinella, en Chiapas, México.