Las enfermedades autoinmunes tienen una presencia cada vez más importante en la práctica diaria del médico, tanto en el ámbito hospitalario como ambulatorio, las cuales pueden compartir manifestaciones clínicas y hallazgos de laboratorio similares, esto puede dificultar un diagnóstico acertado para el clínico que se enfrenta por primera vez a este tipo de pacientes. El Laboratorio de autoinmunidad realiza una importante contribución para el diagnóstico de enfermedades autoinmunes, permite la detección de autoanticuerpos tanto para el diagnóstico como para el seguimiento clínico del paciente. Los autoanticuerpos son de gran utilidad, siempre y cuando sean interpretados en el contexto clínico adecuado del paciente. En el presente texto se realiza una revisión sobre los principales autoanticuerpos con especial énfasis en el valor clínico.