Los plátanos y bananos (Musa spp.) están entre los cultivos más importantes en los países del trópico y el subtrópico. Sin embargo, las enfermedades representan uno de los problemas más serios para su producción agrícola, entre ellas, la Fusariosis causada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc). El objetivo de esta investigación fue determinar el papel de metabolitos extracelulares de dos cepas correspondientes a las razas 1 (Foc1) y 2 (Foc2) del patógeno en la respuesta de cultivares de bananos susceptibles (Gros Michel a Foc1 y Bluggoe a Foc2) y resistente (Grande Naine) a ambas cepas patogénicas. Los FC con 15 y 29 días de cultivo para Foc1 y Foc2, respectivamente, mostraron un efecto hospedero-específico en el daño causado en hojas sueltas de bananos con diferente nivel de resistencia al patógeno in vivo. Se identificaron por LC-MS las toxinas no-hospedero específicas ácido fusárico, bovericina, enniatina A y fumonisina B1 en el FC de Foc1, mientras que en el FC de Foc2 se detectó ácido fusárico, bovericina y enniatina A, lo cual constituye el primer informe para Foc2.