En el campo de estudio de los Agentes Autónomos Inteligentes, uno de los retos más complejos de lograr es la simulación de los procesos cognitivos. En la presente tesis, se propone un modelo cognitivo híbrido y original cuyas aportaciones principales son: la integración de teorías multi-disciplinares sobre la cognición (psicológicas, neurológicas, biológicas, de inteligencia artificial, etc.); un diseño arquitectónico basado cibernética; la fusión de los principios propuestos en las aproximaciones cognitivista y emergente, y la definición de los mecanismos de integración y sincronización necesarios para comunicar estos dos niveles; y un diseño innovador que articula tres niveles de auto-organización inspirados en principios de la biología evolutiva y del desarrollo: la epigénesis, la ontogénesis, y la filogénesis, a partir de los cuales emergen las diversas estructuras cognitivas de la arquitectura. Las aplicaciones de esta arquitectura cubren un amplio rango desde los agentes inteligentes en internet hasta la robótica industrial.