En el fiordo Aysén (45º12’-45º25’S y 72º50’-73º30’W), se trabajó con 10 expediciones oceanográficas, 1991-2001, registrándose temperatura, salinidad, O2 disuelto y nutrientes (PO4= y NO3-). El estudio de las variables físico-químicas, y diagramas T-S, permitieron encontrar tres cuerpos de agua al interior del fiordo. En cuanto a la tasa de renovación media de las aguas, fue de 7 días por km3 de agua, en la cabeza del fiordo explicando, en parte, los bajos valores de O2 disuelto en la zona profunda. En la parte media, fue de 3,2 días por km3 de agua y las aguas de la boca del fiordo tuvieron una renovación de 2,2 días por km3 de agua, producto de la conexión hacia la zona de los canales. El desbalance de N mostrado por la aplicación del modelo de cajas permitió inferir que el resultado del balance de nutrientes total de cada caja fue favorable a la denitrificación. Lo cual se atribuyó al efecto de acumulación de sedimentos aportados por ríos, generándose una zona rica en materia orgánica (> 10%MOT) y la baja circulación que presenta el sistema.