La aplicación de la Electroforesis Capilar (EC) como técnica de separación se ha consolidado en los últimos años en el campo agroalimentario. Las ventajas ofrecidas por la EC como son el bajo coste operacional, elevada eficacia, rapidez y simplicidad; así como el bajo consumo de reactivos y muestra la convierten en una técnica muy atractiva en química analítica. Sin embargo, los límites de cuantificación continúan siendo en ocasiones insuficientes para el análisis de contaminantes a niveles traza como es el caso de las toxinas marinas abordadas en este estudio. Estrategias de empaquetamiento o 'stacking' para pre-concentración en línea de la muestra u otros modos de separación como la cromatografía electrocinética micelar se han explorado para el análisis de yessotoxinas. Finalmente, el acoplamiento a la espectrometría de masas (CE-MS) con fines de confirmación resulta especialmente interesante en el campo de las toxinas marinas, para el cual la disponibilidad de estándares es todavía limitada.