Durante el pasado siglo, los biorreactores de lodos activados para el tratamiento de aguas residuales fueron desarrollados como meros sistemas de ingeniería, menospreciando la importancia de las bacterias que habitan los reactores de tratamiento y que son, en esencia, el motor de estos sistemas. Numerosos estudios han intentado entender la ecología de estas dinámicas comunidades bacterianas. Sin embargo, no ha sido si no hasta la última década que el desarrollo y aplicación de técnicas microbiológicas moleculares y métodos estadísticos avanzados ha facilitado un mejor entendimiento de estos complejos hábitats microbianos. Este estudio molecular se enfocó en entender cómo cambian a través del tiempo y el espacio las comunidades bacterianas en estos sistemas, cómo esos cambios afectan la eficiencia del tratamiento y cómo factores operacionales y ambientales pueden influenciar la función microbiológica de los biorreactores. De Ingenieros Sanitarios, a Microbiólogos, hasta oficiales gubernamentales, una amplia gama de profesionales pueden beneficiarse de este trabajo ya que enfatiza la relevancia de las bacterias en el diseño y manejo adecuados de sistemas biológicos de tratamiento.