Las semillas almacenadas en los sedimentos de un cuerpo de agua son una fuente de diversidad acumulada a través del tiempo, por lo que son una base histórica y el potencial futuro de la vegetación. El análisis de su composición florística y la de la vegetación establecida provee una idea de cuales especies son vulnerables a la extinción local y de aquellas que potencialmente colonizarán el lugar si la hidrología se modifica, además permite entender el estado sucesional en el que se encuentra la comunidad y puede ser una herramienta útil para la conservación y restauración de los sistemas acuáticos. El humedal de San Pedro Cholula posee una importante diversidad florística, se incluye dentro de las ciénegas de Lerma, las cuales se destacan como áreas naturales ricas en especies endémicas de flora y fauna de México. Sin embargo, las actividades humanas y el cambio de uso de suelo han ocasionado un alto grado de deterioro que pone en riesgo su permanencia. Por ello y para documentar esta diversidad se analizó el banco de semillas que almacenan sus sedimentos, sus variaciones con la profundidad y la eficiencia de dos métodos de evaluación.