Doñana, reserva de la Biosfera por su variedad de especies y ecosistemas, se ve afectada por actividades agrícolas, industriales y mineras, que suponen un riesgo. En su entorno se realizan varios cultivos: arroz, fresa y cultivos de "nueva agricultura". A todo se unen los vertidos al río Guadiamar de industrias agroalimentarias. Otra fuente potencial de contaminación se sitúa en Los Polos Industriales de Huelva. Al N de Doñana, se encuentran las minas de pirita de Aznalcóllar, cuyos subproductos se almacenaban en una bolsa de estériles. En 1998, dicha balsa liberó al río Guadiamar 4 Hm3 de agua ácida y 2 Hm3 de lodo con metales tóxicos. La medición de biomarcadores de contaminación (enzimas antioxidativas, biotransformadoras, etc.) sensibles a metales y compuestos orgánicos, en dos especies bioindicadoras abundantes y no protegidas: el ratón moruno (Mus spretus), y el gorrión común (Passer domesticus), ha servido para evaluar los efectos biológicos del vertido de Aznalcóllar y valorar la contaminación del entorno de Doñana en ecosistemas terrestres. Las nuevas técnicas proteómicas se han utilizado para la búsqueda de nuevos biomarcadores de contaminación específicos y sensibles.