La Bahía Interior de Puno ha venido recibiendo continuamente sedimentos y nutrientes, como nitratos y fosfatos producto de las descargas de aguas residuales provenientes de la zona urbana y zonas aledañas por arroyos y aguas de escorrentía. Los sedimentos se van depositando en el fondo. Los nutrientes eutrofizan el lago provocando el crecimiento de algas y otros seres vivos que, cuando mueren, van al fondo. La Bahía viene perdiendo profundidad y las plantas típicas de la orilla se extienden más y más, la materia orgánica que se va acumulando en el fondo lacustre. Esta situación ha alterado gravemente las condiciones ambientales del lago, disminuyendo la diversidad de especies. La Bahía Interior de Puno, se encuentra en un nivel avanzado de eutroficación (carga excesiva de nutrientes), concentraciones importantes de materia orgánica y nutrientes acumulados en el sedimento.