Se estimó la eficiencia técnica de 30 Departamentos Académicos y se desarrollaron cuatro modelos utilizando el modelo DEA - BCC orientado al producto. El Modelo Académico presenta 11 departamentos eficientes, el Modelo Investigación a 8 departamentos eficientes, el Modelo Extensión a 2 eficientes y finalmente el Modelo General a 23 Departamentos Académicos eficientes. Se aplicó el Modelo de regresión TOBIT utilizando los factores externos que pueden afectar la eficiencia de los Departamentos para cada modelo presentado identificando variables estadísticamente relevantes (p<0,05). Para caracterizar los Departamentos Académicos en base a su nivel de eficiencia se utilizó primero la metodología de Árboles de decisión, el cual permite explicar la variabilidad de los índices de eficiencia obtenidos en los modelos. Y la segunda es Análisis Biplot, el cual permite captar visualmente las interrelaciones entre conjuntos de individuos y variables. El estudio se realiza con el fin de identificar similitudes y diferencias entre los Departamentos Académicos para proponer mejoras en el desempeño productivo y el desarrollo de sus procesos.