Las limitaciones asociadas a la gestión documental, su relación con el control interno y su impacto en los procesos sustantivos en las universidades motivan esta investigación. Se parte del estudio de los aspectos teóricos-conceptuales y normativos asociados al tema y se realiza una sistematización de sus principales componentes y características, para la concepción de un sistema de gestión documental en las universidades que asegure transparencia administrativa, rendición de cuentas responsable y la toma de decisiones basada en la evidencia. Se presenta una caracterización de la organización que ilustra sus procesos claves, composición del capital humano y estructura organizacional. Se realiza un diagnóstico que permite conocer el posicionamiento de la institución en cuanto a la gestión de documentos y el control interno. Esto permitió la fundamentación de la propuesta de solución a la problemática estudiada. La investigación se sustenta mediante el criterio metodológico de la concepción dialéctico materialista que integra métodos teóricos y empíricos.