El objetivo del presente trabajo de investigación es determinar la prevalencia y demostrar asociación entre exposición a plaguicidas antes y durante el primer trimestre de la gestación y el riesgo de malformación congénita en los sistemas: cardiovascular, genitourinario, nervioso central, malformaciones de la cara, boca, paladar y extremidades. Asimismo, identificar si el consumo de medicamentos (anticonvulsivantes, antihipertensivos, antieméticos y anticoagulantes), antecedente de alcoholismo, consumo de drogas y anemia severa durante el primer trimestre de la gestación incrementa el riesgo de malformación congénita. El diseño del estudio es observacional, transversal retrospectivo, analítico de casos y controles. Los casos (n = 57) se seleccionaron por muestreo no probabilístico y los controles (n= 114) por muestreo aleatorio simple de una población hospitalaria de la Región Ica, durante el periodo de 3 años. Los casos se definieron como neonatos con malformaciones congénitas de los sistemas: cardiovascular, genitourinario, nervioso central, digestivo, de la cara, boca, paladar y extremidades; los controles, recién nacidos sin las malformaciones antes referidas.